Magento chính thức bắt đầu phát triển vào đầu năm 2007. Bảy tháng sau, vào ngày 31/8/2007, phiên bản beta công khai đầu tiên được phát hành.

Varien, công ty sở hữu Magento, trước đây đã làm việc với mã nguồn mở osCommerce. Lúc đầu, Varien dự kiến phát triển một nhánh mới của osCommerce (một dạng phát triển như nhánh ZenCart) nhưng sau đó quyết định viết lại hoàn toàn với tên Magento.

Trong những năm đầu tồn tại, nền tảng này đã thắng "Giải thưởng Phần mềm Nguồn mở" [5] và "Giải thưởng Sự lựa chọn của cộng đồng SourceForge" [6] nhiều lần.

Tháng 2/2011, eBay tuyên bố đã đầu tư vào Magento trong năm 2010, giá trị quyền sở hữu 49% cổ phần của công ty.

Tháng 6/2011, eBay tuyên bố sẽ mua hết cổ phần còn lại của Magento, và Magento sẽ tham gia sáng kiến ​​mới X.Commerce của eBay.

Giám đốc điều hành kiêm đồng sáng lập của Magento, Roy Rubin đã viết trên blog của Magento nói rằng "Magento sẽ tiếp tục được điều hành từ Los Angeles, với Yoav Kutner và tôi là các nhà lãnh đạo".[7]

Yoav Kutner rời Magento trong tháng 4/2012, viện cớ là tầm nhìn cho Magento đã thay đổi kể từ thời điểm được mua lại do sự thay đổi nhân sự cấp cao.[8]

Là kết quả của sự tan rã của eBay sau công kích của Carl Icahn, Magento được tách ra thành một công ty độc lập với chủ mới là Quỹ tư nhân Permira vào ngày 3/11/2015.[9]

Tháng 5/2018, Magento được tuyên bố được mua lại bởi Adobe với giá 1,68 tỷ USD để tích hợp vào Adobe Experience Cloud - nền tảng CMS doanh nghiệp của Adobe.[10]